锐赛生物

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联系电话:

021-80158420

SNP 检测

SNP detection



实验原理


单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms亚博体彩网站-√,SNP)是指基因组上单个核苷酸的变异,人类基因组平均每1000个就有一个SNP亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。它是由基因组DNA某一特定核苷酸位置上单个碱基的转换、颠换、插入或缺失引起的点突变,使得群体之间和个体之间产生了差异亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。其中转换和颠换发生频率较高,转换是指同型碱基之间的转换,即嘌呤与嘌呤亚博体彩网站-√、嘧啶与嘧啶间;颠换是指发生在嘌呤与嘧啶之间的替换亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。事实上转换的发生频率占多数,且CG序列上出现的SNP最为频繁亚博体彩网站-√,而且多是C转换为T(见图5.5)亚博体彩网站-√,原因是CG中的C常因为甲基化自发地脱氨基后即成为T。


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图5.5SNP转换示意图(C转化为T)


技术应用


SNP作为第三代遗传标记亚博体彩网站-√,在复杂疾病的基因定位亚博体彩网站-√、关联分析亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√、个体疾病易感性分析与药物基因组学的研究中发辉了重要的作用亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。除医学研究外,SNP已逐渐涉及遗传学亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√、生态学亚博体彩网站-√、作物育种众多邻域亚博体彩网站-√。研究对象也由人类扩展到有重要经济价值和研究价值的动植物亚博体彩网站-√、微生物等亚博体彩网站-√。


实验流程


图片.png



实物

数据信息

实验周期

客户提供

待测样本

待测序列SNP位点信息

5周

我们提供

基本实验步骤、测序报告


实验结果展示


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              5.6基因组DNA抽提电泳图                                        图5.7目的基因的PCR扩增电泳结果


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图5.8目的基因SNP测序结果


TROUBLESHOOTLNG


实验问题

原因

推荐解决方法

基因组DNA电泳条带弥散?

样本降解

重新抽提基因组DNA亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。

无法扩增到目标条带亚博体彩网站-√?

PCR反应条件不佳

优化PCR反应条件亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√,如提高酶量,降低退火温度亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。提高模板量等亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。

测序结果双峰或乱峰,无法分析?

样本不纯

PCR产物必须采用胶回收亚博体彩网站-√,确保无非特异性条带及引物残留。


常见问题FAQ


Q:常见的SNP测定方法有哪些亚博体彩网站-√,优缺点是什么?

常见方法

优点

缺点

PCR测序法

SNP分析的金标准亚博体彩网站-√,可发现未知SNP位点。

每个位点均需要PCR扩增测序亚博体彩网站-√,成本较高,工作量大周期长亚博体彩网站-√,不适合大样本做疾病关联分析亚博体彩网站-√,且容易发生交叉污染亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。

Taqman探针法

适合已知SNP位点亚博体彩网站-√、位点数量少、通量高的检测亚博体彩网站-√,结果直观清晰亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√,实验闭管进行,因而减少了PCR污染的风险。

探针合成费用高亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√,周期稍长亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√,不能发现未知SNP位点亚博体彩网站-√。

PCR-RFLP

判断依据酶切后产生片段的大小和数目的变化,技术简便亚博体彩网站-√,价格便宜,仅使用已知SNP判断亚博体彩网站-√,事宜少量样本的实验室检测亚博体彩网站-√。

费时费力亚博体彩网站-√,灵敏度差亚博体彩网站-√;仅能检测有酶切位点的SNP,不能确定何种SNP亚博体彩网站-√,无酶切位点不能检测;需要凝胶电泳,DNA链二级结构容易造成人工假相,使结果出现偏差亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。

连接酶检测反应

适用于任何多态性位点,不需要人工引入酶切位点亚博体彩网站-√;分型准确,其准确度可达99%以上亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√;检出率高亚博体彩网站-√,周期短亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。适宜100-3000个样品亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√,1-20个位点亚博体彩网站-√。

需进行多重PCR亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√,多重LDR以及

ABl3730XL检测亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。

芯片技术

与传统的仪器检测方法相比具有高通量亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√、微型化、自动化亚博体彩网站-√、防污染等特点。

仅适用于全基因组SNP扫描,不适宜单个基因的SNP位点检测亚博体彩网站-√,精度低,价格昂贵亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。

飞行时间质谱

(MALDL-TOFMS)

检测速度快亚博体彩网站-√,理论上能分析单个碱基的变化亚博体彩网站-√。

纯物理加成易受到样本因素的多种干扰,精确度难以保证亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。适宜于已经优化的特定SNP检测亚博体彩网站-√,检测过程需要多点质控,否则精确度很低亚博体彩网站-√。

Lllmina光纤微

珠芯片技术

起始样品量要求很低亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√,还能够检测多个感兴趣的区域,从而检出罕见的基因突变亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。

高通量SNP检测亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√,用于SNP在全基因组

上的扫描分析亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√,价格昂贵亚博体彩网站-√。

HRM技术

高通量亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√、简单亚博体彩网站-√、快速亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√、省钱、高灵敏度亚博体彩网站-√;闭管检测亚博体彩网站-√,避免污染造成的假阳性亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√;扩增区内已知和未知SNP都能检测亚博体彩网站-√;灵敏度和精确度达到进100%亚博体彩网站-√。

目前仅有少数公司可以提供该项服务亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。



Q:如何提供待检测的SNP位点信息亚博体彩网站-√?

A关于SNP位点的分析,可根据参考文献给出RS号或者指定的一段基因序列亚博体彩网站-√,并标明SNP位点亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。以RS号rs1799946为例亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√,可在NCBL网站SNP选项中搜索出相关位点信息如下:

A G C C T C T G T C A G C T C A G C C T C C A A A G

[A/G]AGCCAGCCTCTCCCCAGTTCCTGAA

HGVS Names:[NM_005218.3:c.-52G>A]

HGVS是Human Genome Variation Society(人类基因组变异协会)的简称亚博体彩网站-√,HGVS命名SNP法的规则是标出引用的核酸序列号(Reference Sequence,RefSeq)和SNP在该核酸序列中的位置亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√,其中NM_005218.3是该核酸序列中的位置亚博体彩网站-√,G>A表示原始碱基是G亚博体彩网站-√,突变碱基是A。


Q:如何确定一个碱基的变异是突变还是SNP呢亚博体彩网站-√?

A人群中的变异几率大于等于1%则可称之为多态性亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√,小于1%则为突变亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√。通过群体样本的变异几率的数据分析可以判断是突变还是SNP亚博体彩网站-√。


Q:纯合子亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√、杂合子可否通过SNP测序法检测到亚博体彩网站-√?

A每个SNP只有两个等位基因亚博体彩网站-√,因此存在纯合子(是指同一位点上的两个等位基因相同的基因型个体,如AA)和杂合子(是指同一位点上的两个等位基因不相同的基因型个体亚博体彩网站-√,如Aa)的可能亚博体彩网站-√。通过测序所得的峰图结果可以分辨是纯合子还是杂合子亚博体彩网站-√亚博体彩网站-√,如图5.9所示:

图片3.png

图5.9纯合子和杂合子SNP测序结果示意图


参考文献

1. Erichsen HC,Chanock SJ. SNPs in cancer research and treatment.Br J Cancer 2004,90(4):747-51.

 
 
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